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Nabend,
z.B. jedes mal wenn die Domain domain.tld aufgerufen wird soll ein weiteres Fenster aufgehen mit einem kleinen Sponsoren Banner.
Ich weiß nicht ob und wie das funktioniert, allerdings mag dir vielleicht dies zur weiteren Suche helfen:
Du könntest jeden Seitenaufruf mittels mod_rewrite an ein Script umleiten, welches dir den gewünschten Code in das Dokument einfügt.
So, vielleicht hilft es dir ein wenig.
Grüße