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Hallo!
Eine Mögluchkeit wäre PHP. Damit kannst du das Menü separat speichern und in jede Seite automatisch einfügen. Auch verschiedene Versionen (Menü mit und ohne JS) lassen sich mühelos pflegen, da du den Inhalt auch separat speicherst.
Das entsprechende Menü und der Inhalt werden dann je nach Usereinstellung angezeigt.
Allerdings kommst du nicht drum herum, all deine Seiten noch einmal zu überarbeiten.