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In der Datei "datei.php" ist ein Button eingebaut, der per Javascript bei onclick="" diselbe Datei in einem neuen Fenster öffnet. Wenn nun dieses Fenster geöffnet wird, erscheint im parent-Fenster "[object]".
Es ist irrelevant, ob es sich um eine PHP-Datei handelt. Davon weiß Herr Client nichts, und es ist ihm auch wurscht.
print "<a href='javascript:window.open("datei.php?var=4","Fenster","width=600,height=300,left=0,top=0")'>neues Fenster öffnen</a>";
Wenn Methoden aus Bookmarklets etwas zurückgeben, hast Du ein Problem. In dem Fall wird ein window-Objekt zurückgegeben. Entweder den Aufruf in void() kapseln, oder gleich ein onclick benutzen und false zurückwerfen. Ins href kommt dann zum Bleistift ein hash.