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soweit ich weiß, mußt Du die access.conf editieren.
Nein, Options funktioniert auf allen Ebenen, inklusive .htaccess.
Options Indexes FollowSmLinks
Die Options 'Indexes' liefert das Inhaltsverzeichnis, falls keine index.html vorhanden ist. Kann man mit -Indexes deaktivieren.
Jein. Options kann, wie geschrieben, auf mehreren Ebenen in der Konfiguration vorhanden sein. Werden die Attribute für Options ohne Plus oder Minus angegeben, ersetzt diese Options-Angabe jegliche darüber liegenden, werden alle Attribute mit Plus oder Minus angegeben, wird das nächsthöhere Options ohne Plus/Minus als Basis herangezogen und dieses Options ändert die Basis entsprechend. Beispiel:
Serverkonfiguration: Options A B
.htaccess-Konfiguration: Options -A +C
-------------
Ergebnis: Options B C
Serverkonfiguration: Options A B
.htaccess-Konfiguration: Options A C
-----------
Ergebnis: Options A C
Das alles ist, wie immer, ausführlich in der Apache-Anleitung beschrieben, sogar auf Deutsch: http://httpd.apache.org/docs-2.0/mod/core.html#options.