document.getElementsByName("bgestein")[0].style.backgroundColor = "red";
setTimeout(60);
document.getElementsByName("bgestein")[0].style.backgroundColor = "yellow";
setTimeout ist keine Pause an sich, du musst
document.getElementsByName("bgestein")[0].style.backgroundColor = "red";
setTimeout("document.getElementsByName('bgestein')[0].style.backgroundColor = 'yellow'",60);
schreiben ;)