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Habe noch etwas vergessen. Jedes Skript hat ja eine maximale Laufzeit. Ist glaub ich standardmäßig 30 oder 40 Sekunden. Bei größeren Uploads kanns schon mal länger dauern sodass es dann natürlich abgebrochen wird. Oder du stößt ans Speicherlimit.
Schau mal nach den Werten max_execution_time, max_input_time, memory_limit.