Hi Du,
Du kannst meines Erachtens auf ein iframe mit JavaScript genauso zugreifen, wie auf andere ("normale") Frames auch. Ich würde aber zu SSI (Server Side Includes, kann man meist an der Endung ".shtml" eines Dokuments erkennen) raten, und nicht zu iframes, um die von Dir angestrebte Konsistenz in der Navigation zu erreichen.
Mirko42