<input type="checkbox" name="box1" onchange="<!--#exec cgi='/cgi-bin/write.pl' -->" />
Das Kann auf jeden Fall nicht funktionieren, da "OnChange" ja ein für Javascript konzipierter Eventhandler ist...
Du musst, denke ich, einfach ein Formular per "action=" an das Script senden (so macht mans in PHP, von Perl hab ich keine Ahnung...)
gruß