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Das kannst du halten, wie du gerne möchtest. Wenn du die Konfigurationsdatei aber weiterhin bloß "httpd.conf" nennen möchtest, mußt du dir deinen Apache mit entsprechender Änderung in den Makefiles nochmal selber neu bauen, daher würde ich dir das nicht empfehlen. In der vorgefertigten Konfiguration ist die httpd.conf lediglich ein Platzhalter. Du kannst sie natürlich per Include in deine apache2.conf einbinden, udn dann ist es wurscht, ob und wo du virtuelle Hosts definierst. Sinnvoller ist es allerdings, vorläufig ohne virtuelle hosts einfach auszuprobieren, was dein neuer Apache so alles tut.
Ja ich kenne mich schon mit der Apache config Datei aus. Neu ist das alles nur auf Linux. Aber aus deiner Antwort entnehme ich, dass es am sinnvollsten wäre die Virtual Hosts an das Ende der apache2.conf zu packen. Die Host Datei habe ich schon abgeändert und ein Verzeichnis in meinem Homeverzeichnis eingerichtet.
Kannst du ein Link zu mysql/php4 installation auf debian empfehlen ?