[...] Deshalb zeige ich mit dem zweiten Link auf eine Batch-Datei, die mir den Acrobat zum bearbeiten der Dokumente auch startet - soweit funktioniert es auch, aber leider bekomme ich es nicht hin, der Batch-Datei einen Parameter in Form des absoluten Pfades für das PDF mitzugeben.
Als etwas kompliziertere Alternativlösung könntest du statt direkt auf die .bat einen Link auf ein CGI-Skript setzen, das sich beispielsweise über die Session oder über die IP den Namen des angeforderten PDF merkt und eine Weiterleitung auf die .bat zurückgibt. Diese wird dann ausgeführt und fragt ihrerseits beispielsweise über wget den Namen des zuletzt angeforderten PDF über besagtes Skript an und öffnet dieses dann mit dem Acrobat Reader.