Ich denke, du wirst in diedem Fall nicht um eine durchlaufende Tabelle rumkommen, es sei denn die Apotheken wechseln sich tageweise ab, das heißt, dass Montags immer die selbe Apotheke Dienst hat, Dienstags immer die selbe und so weiter. Diese Tabelle wird zwar auf Dauer etwas länger, da du pro Jahr 365 Datensätze drinhast. Aber du kannst ja alle paar Jahre die alten Satensätze löschen und 600 Zeilen in einer Tabelle dürften für mysql eigentlich kein Problem sein.
Ich denke, das Datum kann man hier als ID verwenden, da man im Normalfall abfragt welche Apotheke an welchem Tag Dienst hat, daher würde sich das Datum als ID anbieten.
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