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Hallo!
Bedenke dass viele Datenbanken ihre Daten ebenfalls in Flat-Files speichern. Den Algorithmus den die Datenbank verwendet kannst Du natürlich auch in Deinem Programm selbst implementieren. Der Vorteil der Datenbank ist halt, dass Du den effizienten Algorithmus verwenden kannst, und das ganze noch über ein sehr einfaches Interface.
Wenn Du Dich gut auskennst und viel Zeit hast wirst Du es in den meisten Fällen wohl mit einer eigenen Implementierung schneller hinbekommen als über eine Datenbank - wie CK schon mehrfach sagte.
Stell Dir vor Du implementierst das ganze 1:1 so wie die Datenbank selber, nur eben direkt - ohne den Overhead von SQL, TCP/IP... und ohne alles was Du nicht brauchst. Im Prinzip braust Du eine hoch spezialisierte Datenbank in Dein Programm direkt ein.
Grüße
Andreas