Struppi: Javascript in Perl

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print "<script type=text/javascript>";
print "<!--";
print "function multiplelinks() {";
print "parent.index.location.href='http://bchk36kc/cgi-bin/genhtml.cgi?hsite=index&status=guest';";
print "parent.footer.location.href='http://bchk36kc/cgi-bin/genhtml.cgi?hsite=footer&status=guest';";
print "}";
print "//-->";
print "</script>";

Du kennst here-docs? nein?
Das ist nützlich, wenn man längere mehrzeiligen Code ausgeben möchte. In deinem Falle:

print <<TEXT;
<script type=text/javascript>
<!--
function multiplelinks() {
parent.index.location.href='http://bchk36kc/cgi-bin/genhtml.cgi?hsite=index&status=guest';
parent.footer.location.href='http://bchk36kc/cgi-bin/genhtml.cgi?hsite=footer&status=guest';
}
//-->
</script>
TEXT

ACHTUNG! In der Zeile darf davor und danach darf kein Zeichen kommen - kein Tab oder keine Leerzeichen. Aber es muss ein Zeilenumbruch folgen.

Dein Problem war, das im Browser folgendes ankommt:
<!--function multiplelinks() ....

Das heißt du hast hier nur eine HTML Kommentarzeile, eine ungültige übrigens da ein gültiger HTML Kommentar so aussieht: <!-- Kommentar --> (ist aber dem IE egal)

Struppi.