Hallo Peter.
1. Über Deine Serverkonfiguration kannst Du jedem Host eine eigene Root zuweisen
2. header("Loction: http://www.domain.de/main/") und bitte nicht header("Location: main/") schließt eine weitere Ausgabe in der Form
echo "<html><body>Wenn Sie eine Suchmaschine sind oder vielleicht Ihr Browser keine automatische Weiterleitung unterstützt nutzen Sie bitte den Link: <a href='main/'>http://www.domain.de/main/</a></body></html>";
oder auch andere ;) nicht aus.
3. Die "perfekte Lösung": ändere beflissentlich einfach Deine Templates und erstelle neue erst gar nicht mit diesem "Fehler"!
Gruß aus Berlin!
eddi