Wenn Du das Script so benutzt, wie es da ist, dann sollten auch die dadurch genauso andere Verzeichnisse wie die Dateien in dem Verzeichnis verlinkt werden.
Wenn Du jetzt nur Verzeichnisse angezeigt bekommen möchtest, wo eine index drin liegt, dann müßtest Du mit PHP erst in das Verzeichnis wechseln und es auf dem gleichen Weg auslesen wie in dem Script. Dann schaust Du mit einer if-Abfrage, ob eine Datei index.html, index.htm, index.php, ... drin liegt und wenn ja, dann schreibst Du mit echo oder print() den entsprechenden Link.
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