Ach so. Falls es bei der Fehlersuche helfen könnte.
Hier das Skript (aber wie gesagt: es funzt ja, nur nicht über den Browser aufgerufen):
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use CGI; # Einbinden des Moduls 'CGI'
my $cgi = new CGI; # Erstellen eines neuen Objekts $cgi
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser); # Hierdurch werden Fehler an den Browser weitergeleitet
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
use Bio::Seq;
# reading infile
my @infile;
my $id;
my $seq = "";
open (INFILE, "test.fasta") or die "cant open test.fasta";
@infile = <INFILE>;
chomp(@infile);
close INFILE;
$id = $infile[0];
shift(@infile);
foreach my $line (@infile) {
$seq = $seq.$line;
}
$seq =~ s/\s//g;
blast search
my @params = ('program' => 'blastx', 'outfile' => 'testscriptout.blout');
my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
my $input = Bio::Seq->new(-id =>$id, -seq =>$seq);
my $blast_report = $factory->blastall($input);
exit;