skript funzt nicht über Browser, nur direkt in kommandozeile

[Struppi]

Ja, das hilft. Das Programm ist kein CGI Programm, es gibt keinen Header aus.

und ein paar Verbesserungen:

open (INFILE, "test.fasta") or die "cant open test.fasta";

Hier kannst du zusätzlich noch den Grund für die ausgeben:
open (INFILE, "test.fasta") or die "cant open test.fasta. weil: $!";

@infile = <INFILE>;
 chomp(@infile);

das kannst du zusammenfassen:

chomp(@infile = <INFILE>);

close INFILE;

$id = $infile[0];
shift(@infile);

Das auch:
$id = shift @infile;

foreach my $line (@infile) {
$seq = $seq.$line;

Das läßt sich einfacher schriben:
$seq .= $line;

Aber vermutlich willst du einfach

$seq = join "", @infile;

Struppi.