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es macht keinen Sinn js mit php zu vermischen. Es muß doch etwas in PHP geben. Include ist doch nur zum Einbinden von Dateien. Naja nehme ich halt das js.
Die beiden scripte stören sich nur, wenn du benutzerdefinierte funktionen einbaust. Dann könnte evtl mit der js Funktion in konflikt kommen. Aber solange du keine hast, ist das im prinzip kein problem