Hallo Tim,
Danke, dass Du Dich geopfert hasst. Ich habe so eine Idee, wo der Fehler stecken könnte: innerHTML und DOM. Ich habe mal statt dessen firstChild.nodeValue genommen. Könntest Du die modifizierte Seite auch noch einmal testen?
http://www.j-berkemeier.de/TableSort_Test_2.html
Danke und Gruß, Jürgen