Hallo,
noch ein Gedanke zur Master/Slave-Problematik der beiden Festplatten.
Manche Platten brauchen -auch wenn sie Master sind- noch eine ganz bestimmte Jumperstellung, damit sie überhaupt einen Slave richtig erkennen. Diese Stellung ist dann meist bezeichnet mit "Master with Slave present".
Ansonsten kann ich mich dem Tip von Christoph anschließen: Schau mal während des Bootvorgangs, ob dein BIOS die zweite Platte überhaupt erkennt.
@Christoph: Die freie Zuordnung der Laufwerksbuchstaben gibt es nicht erst seit Windows 2000 - auch der Dinosaurier NT4 kann das schon. Für das hier beschriebene Problem ist das aber egal. ;)
Viel Erfolg auch noch,
Martin