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Hallo,
zu aller erst: Teste deine Seite immer zuerst in Firefox und dann im IE!
Zum Problem:
Wenn der Inhalt deines Kontainers gefloated ist, kann es gut mal sein, dass der Kontainer verschwindet. Versuchs mal mit einer Höhenangabe oder Rändern. Min-height geht übrigens in IE nicht.
Ich hoffe das war dir eine kleine Hilfe. Sonst musst du die Frage irgendwie anschaulicher stellen.
mfg Bernd