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muss ich die header irgendwie per regex mühsam erst mal rausfiltern, zerlegen und dann per header() entsprechend wieder zurückgeben?
Ja, da PHP innerhalb des Seiteninhalts ausgeführt wird, musst du für Dinge die nach "außen" sollen spezielle Befehle verwenden: header(), setcoockie()
Regex ist nicht nötig. Der Header ist durch eine Leerzeile vom Content getrennt. Es reicht eine einfache Suche nach: \r\n\r\n