Welche IE-Version hast du? Ich nutze IE v6.0
6.0.2800.1106.xpsp2.030422-1633 - der Flashfilm überlagert Teile der Navigation.
Applets, Flashfilme und ähnliches liegen immer über allem. Was meinst Du, warum Flashbannerpopupimitate so beliebt sind?
Kann man das denn mit z-Index verhindern?
Applets, Flashfilme und ähnliches liegen immer über allem, wie bereits erwähnt. Das mit dem z-Index hättest Du bereits testen können. Einzige Möglichkeit ist ein Iframe, der kann überlagern *g*
Wieso willst Du Maßangaben wie % oder em benutzen?
Weil ich ein flexibles, für den Benutzer am besten angepasstes Layout haben will!?
Du scheinst von Höhenangaben zu sprechen. Da würde ich auf Dimensionsangaben weitgehend verzichten. Bei relativen Angaben außer px ist sehr darau zu achten, welche Maßeinheit man für welche Art von Elementen verwendet.
Ansonsten: siehe MudGuard.