Hallo Prince!
Auch Deine grundlegende Idee für die Struktur der Seite leidet unter Divititis. Wenn Du das von Dir beschriebene Layout auf Kopf, Navi, Content beschränken würdest und innerhalb dieser _Kästen_ mit vernünftigem Markup arbeiten würdest, würde Dein Layout auch wie gewünscht funktionieren.
Schönen Gruß
Afra