Hallo Torsten,
Hab mich mal kurz umgeguckt und das hier gefunden:
< http://jvftp.sourceforge.net/>
Laut API-Doku kann das Ding auch beliebige Komandos an den Server senden außerdem steht es unter LGPL, dadurch kannst Du das auch für kommerzielle Software verwenden, mögliche Fehler selbst beheben und die API nach bedarf erweitern.
Grüße
Daniel