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Hallo Torsten,
Ich würde mal den Datenverkehr mitschneiden und gucken, was da tatsächlich passiert und das mit dem Verhalten deines FTP-Programms vergleichen, bei dem es ja funktioniert.
Außerdem würde ich mal ein Blick in den Code werfen und gucken, ob man das schnell selbst implementieren kann.
Ansonsten bleibt Dir halt nur der Weg, Dein FTP-Programm über Runtime.exec aufzurufen.
Grüße
Daniel