Nein. Wenn JS deaktiviert ist, wird alles deaktiviert. (Bei den Geckos einmal von den browsereigenen Funktionen abgesehen.)
das hat weniger mit browsereigene Funktionen zu tun als mit der Herkunft des Scriptes.
Alles was mittels chrome:// geladen wird kann nicht abgeschaltet werden, unabhängig von Art und Umfang der Befehle.
Natürlich steht hier ein wesentlich umfangreicherer Befehlssatz zur Verfügung, da diese Scripte grundsätzlich als vertrauenswürdig gelten und somit anderen Sicherheitseinstellungen unterliegen.
Gruß
Avalon