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Die Alternative mit Samba ist leider bei mir nicht so richtig machbar. TortoiseCVS arbeitet dann nicht richtig - irgendein Problem mit den Datumsangaben in den Dateien, weil Windows die Zeitzonen nicht richtig unterstützt.
Ich denke
dos filetime resolution = yes
sollte dein Problem lösen, auch wenn du was von Zeitzonen schriebst.
DOS und FAT [1] runden auf 2 Sekunden ab, Unix aber nicht. Damit erkennen Programme, die einen Zeitstempelvergleich machen einen Unterschied.
[1] steht in der man page zur smb.conf. Das tritt aber auch unter XP auf, obwohl der Explorer sagt, dass das Dateisystem des Netzlaufwerks NTFS sei.