Bei Linux meldet PHP mit filectime() http://de3.php.net/manual/en/function.filectime.php die letzte Veränderung der I-Node, also wann die Metadaten des Files das letzte Mal verändert wurden.
Wann die I-Node eines Objektes sich ändert, hängt von vielen Faktoren ab. Es ist nicht zwingend das Estellungsdatum des Verzeichnisses.