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Wenn <div id="top"> am Anfang steht überlappt das Navigations-div das top-div nicht mehr, was mein Problem nicht löst aber umgeht.
Mit z-index komme ich an sich nicht weiter aber wenn ich das Navigations-div mit position: absolute; statt float: right; positioniere, sieht es so aus wie ich es mir wünsche, nur dass die Navigations-Box eben nicht mehr vom Text umflossen wird. Das lässt sich allerdings verschmerzen, da eine Textzeile sowieso nicht über den gesamten Bildschirm laufen sollte um gut lesbar zu sein.
Vielen Dank für die Hilfe, ich denke ich werde das Problem mit absoluter Positionierung umgehen.