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Hallo Oliver
Ich habe es noch einmal mit deinen beiden Beispielen und noch ein paar anderen Fällen getestet. Die Ausführungszeit für das Perl-Skript ist immer annähernd null, unabhängig davon, ob der String passt oder nicht und ich erhalte auch stets das erwartete Ergebnis.
Meine einzige Idee wäre noch, sich zuvor den Inhalt von this.getRegex() und this.getInput() ausgeben zu lassen und zu überprüfen, ob beide Strings das enthalten, was sie sollen. Außerdem kannst du noch mit anderen Sonderzeichen wie & oder § prüfen, ob dort das Problem auch auftritt.
Ansonsten kann ich dir leider nicht weiterhelfen, da ich kaum Erfahrung mit Java habe.
Das $-Problem, welches ich angesprochen habe, ist übrigens Perl-spezifisch. Jede Variable fängt mit $ und muss daher bei Strings, welche direkt im Quellcode angegeben werden, maskiert werden.
Viele Grüße
Uwe