Hell-O!
Du meinst wahrscheinlich Chkdsk, das man vorher aktiviert hat. Tja, genau das geht auch nicht. Es wird beim Booten zwar gesagt, dass eine Datenträgerüberprüfung ansteht, welche dann auch durchgeführt wird. Die erkannten Fehler werden aber nicht korrigiert.
Schon mal chkdsk /f probiert (siehe microsoft.com)?
Siechfred