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Hey,
ich empfehle den Dateimanager Total Commander. http://ghisler.com/
Zuerst lege in ein Teilfenster die FTP-Ansicht (Netz → FTP Verbinden...), in das andere Teilfenster das lokale Verzeichnis. Dann führe Befehle → Verzeichnisse synchronisieren... aus. Das klappt wunderbar, auf Wunsch auch mit Unterverzeichnissen.