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Du hast ein PHP-Programm?
Du meinst ein Script, dass länger braucht, bis es alle Aufgaben ausgführt hat? Füge einfach an das Ende des Scriptes (also ganz unten) einen Ton als HTML ausgabe an. (http://www.webmatze.de/webdesign/html/sound.htm)
Wenn deine Schleifen durch sind gibt der Computer automatisch den restlichen Code aus und spielt dann deinen Ton.