Hallo.
AFAIK geht nur eins von beiden: entweder schickst du den Krempel durch die SSI-Engine oder duchr PHP.
Ich glaube beim Apache2 bekommt man mittels Verrenkungen über Filter das sogar so hin, dass es zuerst durch das eine und dann durch das andere gejagt wird - ist aber, wie Du schon sagst, überflüssig.
Ich hatte mich vor einiger Zeit auch mal danach erkundigt. Hintergrund war der Einsatz eines bestimmten vorgegebenen Formulars für eine Seite, die auf SSI aufbaute. Die seinerzeit einzige Lösung bestand im vollständigen Wechsel des Include-Systems zur Programmiersprache des Skriptes, im konkreten Fall Perl, wenn ich mich recht erinnere.
MfG, at