Struppi: Inhalt von zwei Dateien vergleichen

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my @suchen = <DATEI_1>;
chomp(@suchen);

Damit enfernst du aber nur das Newline von einer Zeile.
Du meinst wahrscheinlich:
chomp( my @suchen = <DATEI_1>);

while (<DATEI_2>)
{
   my $zeile = $_;

wie schon gesagt das kannst du kürzer Schreiben:
while (my $zeile = <DATEI_2>)

foreach (@suchen)
   {
      my $suche = $_;

und hier auch:
foreach my $suche( @suchen)

Struppi.