Hallo,
wenn Du mit einem FTP-Zugang leben kannst, sehe ich keine Probleme.
Ich würde aber das root-Verzeichnis leer lassen und für jede Domain ein eigenes Unterverzeichnis (auf derselben Ebene) anlegen. Das erleichtert mir die Übersicht.
Außerdem wird ein Zugriff über erstedomain.de/dirzweitedomain/ verhindert.
Grüßle Jo