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Ich habe nun das Problem verstanden:
Es liegt in der nicht kompletten Umsetzung der SVG-Spezifikation durch die SVG-Viewer.
Werte, die durch eine Animation geändert werden, sind nicht direkt über das DOM erreichbar, sondern über die Eigenschaft 'animatedValue'. Diese ist leider noch nicht in den Viewern umgesetzt. Es existiert also nicht, wie ich oben behauptet habe, ein paralleler zweiter DOM, sondern die eben erläuterte Eigenschaft.
Aufgrund der mangelnden Umsetzung findet man wohl auch nichts über dieses Problem im Netz. Ich musste mir mit einem Workaround behelfen.
Michael