David Aurelio: Alles in eine Datenbank? Oder mehrere DB?

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Eine einfache Variante wäre es, alle Änderungen an einer Datenbank per phpmyadmin vorzunehmen (z.B. an Deiner Entwicklungs-/Testdatenbank) und das von phpmyadmin ausgegebene SQL in eine Textdatei zu kopieren.
An den Anfang muss noch ein "USE Name der Datenbank;", dann brauchst Du das Skript nur noch pro Datenbank ausführen (oder zwanzig mal untereinander kopieren).
Wenn Du den mysql-User 'root' verwendest oder einen User mit den entsprechenden Berechtigungen für alle Datenbanken anlegst, musst Du Dir auch keine Sorgen um die Benutzerkennung machen.

Mit der Zeit wirst Du dann wahrscheinlich auf das phpmyadmin zur Erstellung der Skripte nicht mehr brauchen, andererseits nutze ich es für solche Sachen auch sehr gerne...

schönen Gruß,
David