Programmaufruf mit exec unter Win und Linux

[Manuel B.]

wie löse ich das Problem, damit der Aufruf egal auf welcher Maschine korrekt ausgeführt wird?

Mit DIRECTORY_SEPARATOR

Oder stört das PHP nicht weiter?

Das stört sogar massiv. Dürfte die Funktion deines Scripts völlig unterbinden, wenn du Pech hast.