Hallo Benjamin,
Vorneweg: Irgendwo in der Apache-Konfiguration von Dir *muss* entweder noch ein LoadModule oder ein AddHandler stehen - sonst *kann* PHP grundsätzlich nicht funktionieren.
Grundsätzlich muss ich aber sagen, dass PHP unter den "normalen" vHosts funktioniert, nur nicht mit einem Aufruf über einen Alias.
Wenn es in normalen vHosts geht, in Deinem Alias aber nicht, dann muss in der Definition der vHosts irgend eine weitere Direktive stehen, die den Unterschied ausmacht...
Ich glaube so kommen wir nicht weiter, es wäre hilfreich, Du würdest Deine Apache-Konfiguration irgendwo hochladen und hier verlinken (Du kannst ja die Pfade und Hostnamen anonymisieren und nur einen vHost, von dem Du weißt, dass dort PHP funktioniert, exemplarisch angeben).
Viele Grüße,
Christian
"I have always wished for my computer to be as easy to use as my telephone; my wish has come true because I can no longer figure out how to use my telephone." - Bjarne Stroustrup