Ich will meinem Vater darauf ansprechen, aber wie am besten?
Gar nicht, das ist eine Sache zwischen Deinen Eltern, auch wenn Du indirekt betroffen bist. Mit einer Einmischung erreichst Du nur, dass Du Deinen Vater unter Druck setzt, was dem Frieden im Allgemeinen wenig förderlich ist. Wäre ihm die Angelegenheit Deiner Mutter und Dir gegenüber nicht unangenehm (warum, lassen wir mal dahingestellt), hätte er sie nicht vehement abgestritten, und wenn Du ihm Dein Wissen mitteilst, hat er ein noch größeres Problem, als er jetzt schon hat.
Mach' Deiner Mutter durch Anwesenheit deutlich, dass Du sie nicht im Stich lässt. Mehr kannst Du nicht tun, zumal sowieso alles, was man tun könnte, ein Fehler sein dürfte.
Davon mal abgesehen kommt mir die ganze Geschichte etwas merkwürdig vor, denn wer ist bitte so blöd, ruft beim Ehepartner seines Seitensprungs an und erzählt dann etwas von "intimen E-Mail-Kontakten"? Die normale Reaktion wäre "Entschuldigung, verwählt".