Moin!
Mit C kannst du in deinem System herumfuhrwerken, wie du willst. Das ist ja das Schöne an C. :)
Wie der Zufall (?) es so will, ist Linux ja größtenteils in C geschrieben.
Mit "system" kannst du übrigens Systembefehle ausführen, z.B. system("ls -al");
Und der Rückgabewert von system() sagt dir, ob der Befehl erfolgreich ausgeführt werden konnte.
Außerdem könnte dir noch die exec-Familie weiterhelfen (man 3 exec).
Viele Grüße,
Robert