Per ini_set änderst du die Einstellung jeweils für den einzelnen Skriptaufruf. Per htaccess passiert eigentlich nichts anderes. Insofern wäre im Zweifel eine Änderung der php.ini vorzuziehen. Da das aber auf Grund von Serverrestriktionen selten möglich ist, würde ich dir die htaccess Methode anraten. Damit stellst du sicher, dass in wirklich jedem Skript die Einstellung berücksichtigt wird.