Da du Deinem Hoster offensichtlich nicht vertraust (siehe andere Postings), wechsle den Hoster oder werde selbst zum Hoster, indem Du dir eine ausreichend große Leitung zum Internet an einen ausreichend abgesicherten Standort legen läßt, an dem Du Deinen eigenen Server betreibst. Firewall nicht vergessen!
Wenn Du lediglich verhindern möchtest, dass der Hoster Zugriff auf Deine Quelltexte bekommt, verwende einfach keine Scriptsprachen (wie PHP, Perl, Shell-Scripte). Schreib Deine Programme in C, C++, Objective C, Fortran, Pascal oder sonstigen compilierten Sprachen, übersetze sie passend zum Betriebssystem und der Hardware-Plattform auf dem gehosteten Server und nutze die CGI-Schnittstelle. String-Konstanten (z.B. HTML-Fragmente) kannst Du mit Preprozessor-Direktiven verschleiern und mit einer Routine zur Laufzeit wieder lesbar machen. Strippen nicht vergessen, und nach Möglichkeit nicht dynamisch, sondern statisch linken, um Angriffe über veränderte Libraries zu unterbinden.
Gegen einen ausreichend motivierten Hoster mit ausreichend viel Zeit hilft das aber leider auch nicht, denn auch compilierte Programme kann man wieder in ähnlichen Quelltext zurückübersetzen, dabei gehen zwar alle Kommentare und die meisten Funktions- und Variablennamen verloren, aber mit genügend Zeit kann der Algorihmus des Programms auch ohne sie dokumentiert werden.
Wenn Dir das immer noch nicht sicher genug ist, brauchst Du professionelle Hilfe, z.B. von der NSA, dem Mossad oder dem nächsten Psychologen.
Alexander