Kann man XAMPP auch auf nem Produktiv System laufen lassen, wenn man den Sicherheitscheck von XAMPP gründlich durchführt?
Selbstverständlich. XAMPP ist nichts weiter als ein vorkonfigurierter Webserver.
Wie sicher ist eigentlich .htaccess?
Kommt darauf an was du damit anstellst. Ich vermute, du meinst die Authenfizierungsfunktion und die ist so sicher wie sie nur sein kann. Ohne Passwort -> Kein Einlass.
und wie richtet man zusätzliche Authentifizierungs-schlüssel ein? die nur auf den PC eingerichtet sind die auf das System zugreifen dürfen?
Das löst du am besten mit einem VPN-Netzwerk bzw. mit festen IP-Adressen der Klient-Rechner.