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Die "sauberere" Lösung wäre dann die Höhe der Flimmerfläche per javascript zu ermitteln und dem Div zuzuweisen.
Eine andere wär's, statt der Divs eine Tabelle für's Layout zu nehmen. ( zwei Zeilen, eine Spalte )
Aber psssssst, sag das bloß nicht laut, weil: verpöhnt. ;)
Bist Du überhaupt sicher, daß Du wirklich die gesamte Fläche in einer Box brauchst?
Vielleicht gäb's bessere Alternativen.
Erklär mal am besten, was Du mit der Box dann anstellen willst.