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Pure Vermutung. Du nutzt PHP als Apache-Modul und dadurch hat die hochgeladene Datei als Besucher den User, unter dem auch der Apache läuft.
Dann bleibt dir nur, der Datei nach dem Upload entsprechende Rechte zu geben. Ich denke, 666 sollte ausreichen.
Kann ich das hier nachschauen ob ich PHP als solches Modul benutze?
http://www.cs-erweiterungen.de/phpinfo.php