OK, Thema ist erledigt.
Ich habe keine eurer Ideen benutzt, weil sie mir alle zu kompliziert erschienen (zumindest empfand ich sie so).
Meine Lösung war jetzt:
Ich habe ein Perl-Skript erstellt. Im Gegensatz zu PHP hat Perl kein max_execution_time (ich weiß, bei PHP kann man das umstellen, aber das verlangsamt den Server etc.).
Das bedeutet, ich hab einfach das Skript ausgeführt und das Fenster geschlossen.
Seitdem läuft diese "Engine" reibungslos jede Sekunde, denn in dieser Zeit ruft die Perl-Datei immer wieder ein anderes PHP-Skript auf.
Ich danke euch jedenfalls für eure Hilfe!