Hallo,
ich habe früher die Erfahrung gemacht, dass Flash immer im Vordergrund bleibt und nicht mit anderen Elementen überlagert werden kann - habe es allerdings mit aktuellen Browserversionen nicht getestet.
Als Umweg habe ich in solchen Fällen - es geht ja bestimmt um das Einblenden von Elementen via Javascript - das Flashobject gleichzeitig ausgeblendet.
Grüße Basti